Razpon nanofiltracijske membrane MWCO je med membrano za reverzno osmozo in ultrafiltracijsko membrano, približno 200-800 daltonov.
Značilnosti prestrezanja: prednostno se prestrežejo dvovalentni in večvalentni anioni, stopnja prestrezanja enovalentnih ionov pa je povezana s koncentracijo in sestavo napajalne raztopine.Nanofiltracija se običajno uporablja za odstranjevanje organskih snovi in pigmentov v površinski vodi, trdote v podtalnici in delno odstranjevanje raztopljene soli.Uporablja se za ekstrakcijo in koncentracijo materiala v proizvodnji hrane in biomedicine.